Rethymnon beherbergt mehrere zugängliche schöne Schluchten. Die berühmteste ist die Schlucht Kourtaliotiko, in der der Fluss Megalos fließt, der am schönen Strand von Preveli mit dem verträumten Palmenhain endet. Die Schlucht hat die größte Menge an Wasser in Kreta und der Fluss, der entlang seines Bettes, von den Quellen bis zum Strand fließt, ist ein spannendes Erlebnis. Zu den anderen wanderfreundlichen Schluchten von Rethymnon gehören die Zwillings-Kollita-Schluchten im Gebiet von Argyroupolis, die Schlucht Kotsifos von Plakias, die Schlucht des Heiligen Antonius in Patsos, die Schlucht Prasano und die Schlucht Platania. Neben der Stadt von Rethymnon gibt es die üppigen Schluchten von Myli, Vederi und Gallos.