Rethymnon beherbergt mehrere zugängliche schöne Schluchten. Die berühmteste ist die Schlucht Kourtaliotiko, in der der Fluss Megalos fließt, der am schönen Strand von Preveli mit dem verträumten Palmenhain endet. Die Schlucht hat die größte Menge an Wasser in Kreta und der Fluss, der entlang seines Bettes, von den Quellen bis zum Strand fließt, ist ein spannendes Erlebnis. Zu den anderen wanderfreundlichen Schluchten von Rethymnon gehören die Zwillings-Kollita-Schluchten im Gebiet von Argyroupolis, die Schlucht Kotsifos von Plakias, die Schlucht des Heiligen Antonius in Patsos, die Schlucht Prasano und die Schlucht Platania. Neben der Stadt von Rethymnon gibt es die üppigen Schluchten von Myli, Vederi und Gallos.
Smiliano Schlucht (Kalamafka) 
Die Schlucht Smiliano oder Kalamafka liegt nördlich des Dorfes Ano Meros, etwa 100 km südwestlich der Stadt Heraklion. Durch die Schlucht führt der Lygiotis Fluss, der von den Tälern von Gerakari und den Hängen des Samitos Berges versorgt wird.
Fratiano Schlucht ist eine der langen Schluchten der Präfektur Rethymno, entlang der Kourtaliotiko Schlucht und der Überquerung des Xiro Oros Berges. Ihr Eingang befindet sich 23 km südöstlich von Rethymnon, neben dem Dorf Frati, und ihre Mündung befindet sich in der Nähe der Ausfahrt der Schlucht Kourtaliotiko.
Karantale Schlucht befindet sich im Zentrum der Präfektur Rethymno und bekommt ihren Namen nach dem verlassenen Dorf Karantale, das sich in der Nähe ihres Eingangs befindet. Die Vegetation ist spektakulär und die Schlucht ist eine sehr gute Option für einen Tagesausflug.
Die Schlucht befindet sich nördlich von Rodakino Dorf und ist ohne den Einsatz der Schlucht Ausrüstung unzugänglich. Sie beginnt südlich des Gipfels des Kryoneritis Berges und nach 5km geht es mit der Schlucht von Sykia, kurz vor der Erreichung der Brücke von Rodakino. Der Teil der Schlucht vor dem Treffen Sikia hat 16 Rappels während der verbleibende Teil in Sikia Schlucht bis zur Brücke 4 mehr Rappels hat.
Kissano Schlucht liegt 1km nördlich von Kissos Dorf, im Amari Tal und 34km südöstlich von Rethymnon und verbindet das Dorf mit dem kleinen Plateau von Gious Kambos. Das ist eine kurze, aber schöne Schlucht, überquert von der ländlichen Straße der Gegend. Neben ihrem Eingang (an der Seite von Kissos) gibt es einen schönen künstlichen Kiefernwald von Vatolakki, 600 Hektar. Es gibt auch Zypressen, Eichen und wilde Olivenbäume.
Die Schlucht Kakoperatos befindet sich im Dorf Agios Vasilios in der Provinz Agios Vasilios. Das ist ein Nebenfluss des Megalos Flusses (Kourtaliotis) und wie der Name schon andeutet (schlechte Passage auf Griechisch), kann es vom Menschen nicht erreicht werden (durch Wandern).
Die üppige Schlucht von Vederi beginnt vom Dorf Fratzeskiana Metohia, vorbei am Dorf Vederi und endet am Strand von Gerani (nach 7km). Die Schlucht hat dichte Vegetation, die den Trekking schwierig macht, da es keine klaren Wanderwege entlang ihrer Länge gibt.
Etwa zwei Kilometer nordwestlich des Dorfes Karines an der Stelle Faragi befindet sich eine kleine, aber beeindruckende Schlucht, Kariniotiko Schlucht. Kariniotiko Schlucht ist völlig unbekannt, da die gesamte Umgebung nicht in den touristischen Routen enthalten ist. Allerdings hat die Umgebung außergewöhnliche natürliche Schönheit und beherbergt eines der beeindruckendsten Eichenholz von Kreta mit riesigen alten Bäumen.
