Während des dunklen Zeitalters war das Leben in solch entlegenen und unwirtlichen Gebieten derart mühselig, dass diese Siedlungen wenige Jahrhunderte später aufgegeben wurden und verschwanden. Gleichzeitig legten die Achaer und Dorier den Grundstein für die Blüte des klassischen Hellenismus. Sie führten neue Bräuche ein wie die Nutzung von Eisen, die Feuerbestattung und neue Arten der Bekleidung.
Die „Insel der hundert Städte“, wie von Homer beschrieben, rückte allmählich in den Vordergrund. Knossos wurde erneut zum Verwaltungszentrum und neue eindrucksvolle Städte entwickelten sich, z. B. Hierapytna, Itanos, Axos, Praesus, Sivrytos, Dreros, Rizinia, Tripitos und viele andere.
Als der Römer Quintus Caecilius Metellus Kreta im Jahre 69 v. Chr. eroberte, verlagerte sich die Hauptstadt der Insel nach Gortys, das später zur Hauptstadt der senatorischen Provinz Kreta und Kyrene wurde. Die Stadt beeindruckt noch heute mit den Überresten der Bäder, der Theater, des Stadions, des Hippodroms, der Zitadelle und der Tempel. Versorgt wurde die Stadt über die Häfen von Matala, Lassea und Levena (das heutige Lendas).
Neben Gortys florierten viele andere Städte. Hierzu gehören die heutigen Städte Eleftherna, Polyrhenia, Lyttos, Elyros, Aptera, Lappa, Olous, Lato und Priansus mit äußerst eindrucksvollen archäologischen Stätten.
Nach der Errichtung kretischer Kolonien auf Sizilien, in Marseille und Kyrene im 7. Jahrhundert v. Chr. florierte der Handel erneut und viele Häfen wurden mächtiger als die Städte, die sie versorgten. Einige Häfen entwickelten sich zu Großstädten, z. B. Falassarna, Lissos, Cheronissos, Lato Kamara und Inatus.
Der Anbruch des Christentums
Auf seiner Reise nach Rom landete der Apostel Paulus auf Kreta und verkündete den Glauben und die Lehre des Christentums. Er entzündete die Flamme einer jahrhundertealten Tradition der Enthaltsamkeit, deren Spuren wir heute noch in Einsiedeleien und klösterlichen Einrichtungen in der Region von Asterousia finden.
Gebiete, die laut Überlieferung vom Heiligen Paulus und Heiligen Johannes Xenos besucht wurden, verwandelten sich in lebendige Gemeinschaften, die sich der Enthaltsamkeit verschrieben. Von diesen haben Asterousia und die Halbinsel Akrotiri bei Chania bis heute ihren klösterlichen Charakter bewahrt.
Die Insel wurde zu einem wichtigen Zentrum des Christentums, wie Hunderte religiöse Monumente zeigen, die überall zu finden sind. Die alten Tempel der zwölf olympischen Götter verwandelten sich in imposante Basiliken und höhlenartige Heiligtümer wurden in Kirchen umgebaut.
Überreste frühchristlicher Basiliken, die nach wie vor aufgrund ihrer Größe äußerst beeindruckend sind, sind über die ganze Insel verstreut. Neben der riesigen Basilika St. Titus in Gortys lassen sich Spuren ähnlicher religiöser Monumente bei Hersonissos, Fragokastelo, Elounda, Almyrida, Panormo, Goulediana, Sougia und Eleftherna finden.
Alte Elyros 
Elyros war die wichtigste Stadt im Südwesten Kretas während der dorischen und römischen Zeit. Die Ruinen sind 500m weit vom Dorf Rodovani entfernt auf dem Panorama-Hügel Kefala. Die Stadt hatte zwei Häfen: Syia (aktuelle Sougia) und Lissos. Die genaue Lage der Stadt wurde durch eine Inschrift mit der Phrase in Griechisch "Ruhm an die Menschen von Elyros" verifiziert.
Das fruchtbare Tal und der geschützte Hafen von Makrigialos war ein idealer Ort für seine Behausung im Laufe der Jahrhunderte. Die Reliquien der Vergangenheit sind die römische Villa, die 1977 in der Katovigli-Position über dem heutigen Hafen von Makrigialos vom Archäologen N. Papadakis ausgegraben wurde.
Alte Lyktos oder Littos befindet sich in der Nähe der Siedlung von Xidas. Die Stadt war eine der stärksten der alten Kreta, ein ewiger Feind von Knossos und besaß den Hafen von Hersonissos. Das wird von allen großen alten Historikern berichtet.
An der Stelle Vothoni begegnen wir den römischen Fischtanks, die von den Römern im weichen Sandstein geschnitzt wurden, mit einer kleinen Öffnung zum Meer, um frisches Wasser zu fließen. Es gibt abgenutzte Schritte in einer Ecke.
Menies Strand befindet sich auf dem Gelände der alten Diktynna. Diktynna war der wichtigste Tempel der Göttin Vritomartis, die vermutlich Göttin Artemis ist. Tausende Verehrer kamen aus der ganzen Insel in die Gegend. Vritomartis wurde hier während der hellenistischen und römischen Zeit verehrt. Der Besitz von Diktynna war immer ein Konflikt zwischen dem alten Kydonia und Polirinia.
Alte Arcadia oder Arcades war eine Stadt, die vermutlich in der Nähe des Dorfes Afrati gebaut wurde. Archäologische Ausgrabungen im Jahre 1924 entdeckten alte Häuser und eine Nekropole des 7.-9. Jahrhunderts v. Chr. mit gewölbten Gräbern.
Tarra war eine alte Stadt Kretas und Seehafen von Elyros. Hier war ein sehr berühmter Tempel von Apollo und das Ahealing Zentrum. Die Legende erzählt, dass einmal der Gott Apollo selbst nach Samaria kam, um sich von dem großen Priester und Heiler Karmanor, wie nach dem Töten der Python in Delphi, zu reinigen.
In der Nähe des heutigen Tempels von Agia Ekaterini, oberhalb von Loutro, wurden Spuren von Mauern und Gebäuden identifiziert, die zur antiken Stadt Anopolis gehörten, deren Hafen Katopoli oder Phoenix war, der sich derzeit in Loutro befindet. Anopolis war eine unabhängige Stadt und hatte eine eigene Währung.
