Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Кумароспилиос 
Пещера Кумароспилиос находится рядом с Монастырем Гувернето и обладает высокой археологической ценностью. Пещера была обнаружена в 1942 Ю. Янтсеном и в 1972 раскопки возглавил И. Тседакис.
Недалеко от деревни Вафес префектуры Ханья, в овраге Лаггос, на высоте 230 метров, находится пещера Крионерида (холодная вода). Это довольно маленькая и узкая пещера, не более 30 метров в длину.
До пещеры можно добраться за 45 минут по подъему с северо-западной стороны от деревни Туртули (или Айос-Георгиос) в Ситии. Высота возвышенности - 450 м. Пещера сформировалась из известняка юрского периода. В пещере много естественных украшений, ее необходимо разрабатывать дальше. Общая ширина входа составляет 3,2 м.
В нескольких метрах к югу от входа в пещеру Чайноспилиос находится вход в пещеру Хамото Спилиари (т.е. Пещера с низким сводом), которая имеет длину 32 метров, ширину 6 метров и высоту 6 метров. Это очень небольшая пещера, но она имеет свой шарм и заслуживает того, чтобы изучить!
Пещера Фрагантонис находится в 700м к юго-западу от Мали у подножия горы Волакиас, на высоте 20м и под новой скоростной трассой. Пещера имеет два входа: один внизу и другой с крыши. Вход снизу обращен к северу, шириною приблизительно один метр, но проход затрудняется из-за камней намытых сюда дождем.
Пещера расположена в 25км к западу от Ираклиона у деревни Маратос на высоте 545м, за заброшенной каменоломней Аркалокефало. Вход (2,10м x 1м) нелегко рассмотреть из-за густой растительности, а общая протяженность пещеры составляет 153м.
Пещера находится к северо-востоку от деревни Нитаврис на высоте 700м в точке Каликас. Ее размеры 100м x 40м и высота в некоторых местах достигает 20 метров. Пещера имеет множество названий (Онимахос, Калика Трипа, Нотики Трипа Нитаврис, пещера Пола Форэ), впечатляющий вход с выгравированным названием пещера на древнегреческом «Онимахос», и прекрасные сталактиты, а также эта пещера скрывает богатую историю, свидетельствующую о том, что пещера была населена людьми в древности.
Пещера Эллиноспилиос находится недалеко от побережья Афрата, а популярный пляж Афрата, в свою очередь, находится всего в одном километре от одноименной деревни, в 3,5 км от Колимбари (или Колимвари ) и в 28 километрах к западу от города Ханья, на мысе Родопос.
