Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Гуменоспилио 
Ущелье Агиофараго находится на юге Крита в области Ираклион, к юго-востоку от поселка Матала. Согласно легенде, триста отшельников жило здесь в полной изоляции друг от друга и встречались они только один раз в год в Goumenospilio. В этот день они собирались в пещере и усаживались на триста камней, пересчитывая сколько камней осталось свободными, так они узнавали сколько их умерло за год.
Пещера Мугри находится посреди гор Кулуконас немного к северо-западу от монастыря Воссакос. Очень впечатляющая пещера с богатым декором внутренних стен. Сформирована пещера двумя главными стенами в приблизительно занимающих 2 тыс. м². Останки травертинового водоема в самой глубинной части пещеры свидетельствует о том, что водоем был активным много лет назад. Водоем использовался людьми, по крайней мере с менонитской эры.
Пещера Ано Перистерас – одна из многих подземных рек в районе Кариди, провинции Сития. Она находится на высоте 650 метров, длина троп внутри пещеры составляет 5500м и глубина превышает 220м.
Пещера Врико расположена приблизительно в 2км к северо-востоку от деревни. Это пещера и расщелина с исследованной глубиной около 25-30 метров. Вход представляет собой открытое, плоское место похожее на гумно. У входа находится лестница, чтобы облегчить доступ к пещере. Прямо здесь растет фиговое дерево и его ветви покрывают большую галерею длиной 60-70 метров. На входе и у задней части галереи имеются надписи времен неолита.
Пещера Нераидогула расположена на высоте 1320 м. в русле ручья Линарас в сосновом лесу Селаканос. Найти вход немного трудно, хотя и есть указатели, так как он очень маленький, и нельзя догадаться, что внутри нас ждет большая пещера.
Пещера Киниготафкос или просто Тафкос Сикии (фиговое дерево) находится около Гонис, на отметке Воскеро, на высоте 1092 метров, в 40 км к западу от Ираклиона. Она считается один из обрывов в этой местности и имеет исследованную глубину 70 метров.
Пещера Драколаки проходит по руслу длинной подземной реки и расположена на южных склонах вершины Тодорис в Белых Горах, в верхней части каньона Арадена. Именно эта пещера является является отправным пунктом для сети оврагов, которые образовывают Араденское Ущелье.
В самой отдаленной части восточного Крита находится пещера Алогарас. Название происходит от слова «логари» («сокровище»). Она находится рядом с деревней Тсо, сегодня называемой Агия Триада. Пещера расположена на дороге к заброшенному пляжу Ливари и в 120м над ним там, где виднеются останки древней гавани Зирос. Найти вход в пещеру очень просто даже издалека, потому что в ней есть громадное отверстие, закрытое каменной стеной, заметной издалека.
