Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Доха 
Пещера Доха находится на высоте 463м, около маркера «Кака Пила Маратос», в 20км к западу от Ираклиона. Это небольшая, но довольно известная пещера, с впечатляющим декором разных цветов и форм.
В нескольких метрах от крайних домов деревни Самонас, во время дорожных работ в 1994 была обнаружена маленькая пещера, с богатым убранством и небольшим прудом. Чтобы попасть в пещеру необходимо воспользоваться лестницей.
Недалеко от монастыря Католико находится пещера Св. Иоанна (Иоанниса Эремитиса), в которой святой жил и умер. Сохранилась его каменная лежанка в глубине пещеры. Об этом месте ходит множество легенд. Особенно часто рассказывают, что многие люди чувствуют около лежанки и проходя над пещерой огромный столб чистой энергии. Но чтобы добраться до этого места обязательно нужно иметь фонарики (пещера не освещена, её длина около 150 м), удобную спортивную обувь, неплохо бы прихватить и палку-опору. Сотни паломников стекаются сюда 7 октября, в День св. Иоанна, одного из самых больших религиозных праздников на Крите.
Пещера Ахнистрес расположена на западе от приморской деревни Милатос, на высоте 70 метров и с двумя входами, довольно покрытой густой растительностью. Один вход очень отвесный на глубине 4м, в то время как главный вход, шириной 1,5м, ведет к спускающемуся 6м проходу, который заканчивается у прохода 0,5х0,5м. Первая комната с отвесным входом имеет небольшое отверстие, которое ведет к главной пещере с впечатляющими сталагмитами и колоннами, которые делят комнату на несколько частей.
Аркалохори - археологический памятник минойской цивилизации, одна из так называемых «сакральных пещер» на востоке острова. Пещера использовалась, вероятно, в культовых целях, ориентировочно с 2500 г. до н. э. по 1450 г. до н.э
Тилиссоская пещера Анонима находится в 16км к западу от Ираклиона, приблизительно за 1км до Вулисмено Алони, на высоте 250 метров. Она была найдена в 2010 во время строительства новой дороги между Аногией и Тилиссосом.
Пещера Тзани до сих пор известена как пещера- пропасть ( Хонос) , находится на плато Омалос региона Ханья. Длина пещеры , по некоторым данным, достигает 3000м. Вход в пещеру Тзани хорошо виден с дороги, а сама пещера находится примерно в 2 км от входа в знаменитое Самарийское ущелье. Внутреннее убранство пещеры впечатляет своей необычной красотой – очень большой центральный зал с огромными острыми камнями.
Одна из двух пещер около деревни Пефкос около Макригиалос (другая – во Врико). Убранство пещеры прекрасно и до нее легко добраться по неплохой грунтовой дороге, начинающейся от деревни Пефки и идущей на север.
