Ο ναός της Κοίμησης της Θεοτόκου ή Πάνω Παναγιά βρίσκεται στο Βορειοανατολικό τμήμα του κάστρου Belvedere και φέρει πολύ κατεστραμμένο τοιχογραφικό διάκοσμο, φιλοτεχνημένο το 1467 από τον αυτοαποκαλούμενο «ταπεινό ζωγράφο» Γεώργιο Πελέγρη. Ο ζωγράφος μάλλον ταυτίζεται με τον ομώνυμο αγιογράφο που εργάζεται την περίοδο 1456-1487 στο Χάνδακα.

Ο ναός της Αγίας Αναστασίας βρίσκεται στο νοτιοδυτικό τμήμα του κάστρου Belvedere και κατασκευάστηκε σύμφωνα με τον Gerola πάνω στα ερείπια δύο αρχαίων δεξαμενών. Λόγω του μικρού μεγέθους του, το αποσπασματικά σωζόμενο εικονογραφικό πρόγραμμα, το οποίο χρονολογείται στα μέσα του 14ου αιώνα, φέρει ελάχιστες παραστάσεις

Ο ναός του Αγίου Αθανασίου βρίσκεται λίγο έξω από το Κεφάλι των Εννιά Χωριών της επαρχίας Κισάμου. Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός περιβάλεται από όμορφο πάρκο με πεύκα και εσωτερικά φέρει ενισχυτικό σφενδόνιο.

Στην τοποθεσία Καρδάκι στο Αμαριανό Πεδιάδος βρίσκεται ο κατάγραφος Βυζαντινός ναός της Παναγίας Καρδιώτισσας, που είναι αφιερωμένος στο Γενέσιο της Θεοτόκου (εορτ. 8 Σεπτεμβρίου).

The village with this rich religious tradition hosts many churches. Among them are the Byzantine church of Saint George and the half-ruined church of the Panagia (Virgin Mary) dedicated to the Presentation of the Virgin Mary.

Λίγο νότια από το κέντρο του χωριού Άνω Μούλια της επαρχίας Καινουργίου βρίσκεται ο μικρός ναός των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου στο κέντρο μιας μικρής γρααφικής πλατείας. Εξωτερικά φαίνεται σύγχρονος ναός, αλλά η αρχική του κατασκευή ανάγεται στον 13ο αιώνα, όπως χρονολογείται η σωζώμενη τοιχογραφία της Καιόμενης Βάτου.

Ο Ναός της Παναγίας στον Κισσό Αγίου Βασιλείου βρίσκεται δίπλα στο κοιμητήριο του χωριού και είναι αφιερωµένος στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Ο αρχικός μονόχωρος ναός έχει επεκταθεί στα δυτικά μάλλον στις αρχές του 20ου αιώνα, όταν προστέθηκε το εντυπωσιακό κωδωνοστάσιο που φέρει την χρονολογία 1901.

Ο εγκαταλελειμένος οικισμός της Απολύχνου που βρίσκεται σε υψόμετρο 220μ, μέσα σε όμορφο φαράγγι με πηγές και πλατάνια. Πάνω από τις πηγές έχει κτιστεί ο Βυζαντινός ναός του Αγίου Παντελεήμονα. Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με οξυκόρυφο θόλο που χρονολογείται στον 14ο αιώνα και οι κάτοικοι της Μεσαράς θεωρούν θαυματουργό.