С прибытием на Крит Иоанна Отшельника начало развиваться мощное направление аскетизма, которое сохраняется и по сей день. Сотни отшельников стали уединяться в отдаленных уголках острова и сформировали целые аскетические сообщества, которые позже превратились в процветающие монастыри.
Особым примером отшельничества служит католический монастырь на мысе Акротири, где монахи живут в пещерах и выполняют свое служение вдали от мирских удовольствий. Также важную роль сыграли религиозные общины на уединенных полуостровах Грамвуса и Родопу, где работало несколько небольших монастырей.
Важнейшим обиталищем отшельников стали естественным образом изолированные непроходимые горы Астерусия к югу от Ираклиона. В сотнях пещер между Агиос Никитас и мысом Литино до сих пор живут отшельники. Они практически не общаются друг с другом. Отшельники районов Агиофараго и Марцало собираются раз в год в пещере Гуменоспилиос, чтобы выяснить, кто пережил этот год.
На востоке Крита в северной провинции Мирабелло находится крупнейший район обитания аскетов, где возведены десятки небольших монастырских строений. Здесь отшельники строят крошечные монастыри, где обычно живут в одиночку.
Монастырь Св. Георгия, Менис 
Очень старый монастырь Св. Георгия был построен в IX веке, и покинут несколькими столетиями спустя из-за постоянных пиратских рейдов. Византийская башня была построена рядом с монастырским комплексом.
Примерно в 6 км. от деревни Родопос, на середине пути к Св. Павлу (Агиос-Павлос), находится знаменитый монастырь Св. Иоанна Гиона (Агиос Иоаннис).
Неизвестный монастырь Св. Антония в Акротири, заброшенный в наше время, лежит у монастыря Гувернето, от которого начинается тропинка к монастырю Св. Антония. Монастырский комплекс с пещеристой часовней Св. Антония имеет изысканную архитектуру, но сегодня подвержен запустению и оставлен местным пастухам, которые используют его в качестве загона для скота!
Монастырь Св. Иоанна Милостивого (Агиос Иоаннис Элимон) находится вблизи с аэропортом Ханьи, к югу от деревни Пазинос или Гагаладо. Этот монастырь, находящийся под покровительством монастыря Гувернето, был укреплен и его стены сохранились в замечательном состоянии.
Монастырь Христа Спасителя (Сотирас Христос), более известный как Господь Христос (Афендис Христос) был построен на второй по высоте вершине священной горы минонийцев, Джуктас.
Монастырь Святого Димитрия в Галифе был действующим ещё в венецианскую эпоху, что видно даже теперь по остаткам монастырских келий вокруг. Ворота монастыря впечатляют изображением конного святого Димитрия. Этот маленький монастырь был в подчинении у монастыря Агаратос.
Церковь Святой Троицы (Агиа Триада) расположена к востоку от деревни Хохлакиес недалеко от деревни Галифа. Эта церковь была храмом небольшого монастыря, который находился в подчинении монастыря Агаратос. Надписи свидетельствуют, что церковь была обновлена в 1602 году, что подтверждает её долгую историю. Церковь не украшена фресками, но производит впечатление из-за своего размера.
Венецианский иерусалимский монастырь расположен в деревне Лутраки, но сейчас не работает. Монастырь был центром революционной активности против турков и прибежищем для многих известных военачальников Крита.
