После освобождения Крита от арабов Никифором Фокой в 961 году н. э. начался период возрождения, о котором свидетельствуют многочисленные памятники и который продолжался и после прихода венецианцев.
Именно тогда было основано большинство ныне действующих малых и крупных монастырей. Они выполняли не только религиозную функцию, но и сыграли важную роль в борьбе критян против захватчиков, особенно после завоевания Крита Османской империей.
Монастыри были единственным местом, где христиане могли найти убежище и подготовить военные операции. Заподозрив, что монахи поддерживают повстанцев, османы разрушили несколько монастырей, служивших крупными революционными центрами.
Даже сегодня посетителей поражает рассказ о геноциде в монастыре Аркади в 1866 году. Осажденные христиане решили взорвать бочки с порохом, чтобы не сдаваться в плен османам. Похожие истории о событиях тех времен можно услышать во многих монастырях.
Монастырь Превели 
Ставропигиальный православный Монастырь Превели находится на южном побережье Крита в 37 км к югу от Ретимно, в семи километрах от деревни Плакиас. Он расположен на нескольких уровнях: нижняя часть, Като Превели, посвящённая Святому Иоанну Крестителю, закрыта и превращена в туристическую достопримечательность; верхняя часть, Писо Превели, посвящённая Иоанну Богослову, остаётся действующим монастырём.
Монастырь Аркади (или Мони Аркадиу) - один из известнейших монастырей Крита. Находится в 25 км от Ретимно на высоте 510 метров. Дата основания точно не установлена и сильно разнится в зависимости от исторических документов: из надписи на колокольне следует, что монастырь Аркади основан в 16 веке, по другим документам он был основан монахом Аркадием во 2-й византийский период (961-1204 гг.).
Этот святой монастырь был основан в 1905-1910 гг. епископом Киссамоса & Селиноном Антимосом Леледакисом. В период с 1962 по 1965 гг. монастырь реставрировался под руководством епископа Иринеоса Галанакиса.
Монастырь Святой Троицы Цагаролон - это один из самых богатых и красивых монастырей на Крите. Он построен рядом с аэропортом Ханья в местечке Цобомилос на мысе Мелеха у подножья горы Ставрос. Монастырь расположен в 15 км от Ханьи.
Монастырь Гувернето является одним из старейших монастырей на Крите, он был построен в 1537 году. Монастырь Гувернето или Госпожа Ангелов (как его еще называют), расположен на полуострове Акротири, примерно в 4 км от монастыря Святой Троицы или в 19 км к северу от Ханьи.
Храм построен в стиле базилики в честь святого Иоанна Предтечи, престольный день 29 августа. Когдато находился в местечке св. Матфей, но из-за опасений был перенесен на сегодняшнее место, древнии постройки сгорели а сними и огромная история обители, известно что в наши дни монастырь принимал огромное участие в борьбе за независимость Крита в период с 1821 – 1897 годах. В эти годы монастырь пострадал очень сильно.
Организация Священного Креста «Св. Рафаель» - это неформальный маленький монастырь в Триа Камаракия, рядом с трассой Ретимно - Ханья, по большей части занимается благотворительностью. Главный храм является базиликой с тремя проходами, посвященная неомученикам (Рафаелю, Николаю и Ирине), Святому Кресту и Святому Ефрему.
Одигитрия Гонья́, мужской действующий монастырь в честь Успения Пресвятой Богородицы, называемый также монастырем Божией Матери Одигитрии или Владычицы Ангелов. Находится близ селения Колимбари, в 24 км от г. Ханья.
