После освобождения Крита от арабов Никифором Фокой в 961 году н. э. начался период возрождения, о котором свидетельствуют многочисленные памятники и который продолжался и после прихода венецианцев.
Именно тогда было основано большинство ныне действующих малых и крупных монастырей. Они выполняли не только религиозную функцию, но и сыграли важную роль в борьбе критян против захватчиков, особенно после завоевания Крита Османской империей.
Монастыри были единственным местом, где христиане могли найти убежище и подготовить военные операции. Заподозрив, что монахи поддерживают повстанцев, османы разрушили несколько монастырей, служивших крупными революционными центрами.
Даже сегодня посетителей поражает рассказ о геноциде в монастыре Аркади в 1866 году. Осажденные христиане решили взорвать бочки с порохом, чтобы не сдаваться в плен османам. Похожие истории о событиях тех времен можно услышать во многих монастырях.
Женский монастырь Палиани лежит на высоте 280 м недалеко от деревни Венерато, в 20 км на север от Ираклиона, на выходе из ущелья Венерато. Монастырь посвящен Успению, которое отмечается 15 августа.
Кудумас, или, вернее, монастырь Кудумас, расположенный на южном побережье. От Ираклиона его отдаляют от 2 до 2,5 часов, путешествие 80 км, где последние 24 км грунтовая дорога, начинающаяся от деревни Стернес, взбирается на гору Кофинас, а затем спускается к монастырю Кудумас, от 1000 метров над уровнем моря.
Святой Никита расположен в 65 км к югу от Ираклиона, на восточной стороне диких гор Астерусия. Наиболее распространенный способ добраться до этого места, это проехать по неровной грунтовой дороге 15км., которая начинается от деревни Аxентриас и ведет в монастырь святого Никиты после.
Монастырь Рождества Пресвятой Богородицы основан в 1963 году, находится на растоянии 10 км от Ираклиона на запад, рядом с национальной трассой Ираклион – Рефимно, в кипарисовом бору.
Монастырь Девы Марии Фанеромени’, действующий мужской монастырь, расположенный в лоне первозданной природы, считается одним из важнейших паломнических мест на восточном Крите.
Уже пятый век существует монастырь Кремастон, посвященный архангелам Михаилу и Гавриилу, который внес большой вклад в развитие местной общины, особенно в годы оттоманского господства (Псилакис, 1994, т.1, с. 418), когда в нем тайно была организована школа. Надпись над входом в кафоликон говорит о том, что он был основан в 1593 г. иеромонахом Митрофаном Агапитосом.
Женский монастырь Пресвятой Богородицы в Куфи Петра посвящен Благовещению Богородицы и, согласно письменным источникам, был основан в 1866 г. на месте когда-то существовавшего монастыря, от которого остались лишь фрагменты (Псилакис, 1994, т. 1, с. 428).
По дороге Ираклион – Айос-Николаос в ущелье Селинариу, где горный ряд, простирающийся от вершины Селена до Критского моря, вдруг резко обрывается, находится действующий монастырь Святого Георгия.