Κρήτη κατά την αρχαία εποχή δεν απειλήθηκε από εξωτερικούς εχθρούς. Οι πρώτοι εξωτερικοί εχθροί που γνώρισε το νησί ήταν οι Ρωμαίοι. Επομένως, ως τότε, η οχύρωση των πόλεων δεν αφορούσε εξωτερικούς, αλλά εσωτερικούς εχθρούς. Μετά το τέλος της Ρωμαιοκρατίας (67πΧ- 330μΧ) τα πράγματα άλλαξαν ριζικά. Η Κρήτη εντάχθηκε στο Ανατολικό Ρωμαϊκό Κράτος, που μετεξελίχθηκε στην Ελληνική Βυζαντινή Αυτοκρατορία, κι αποτέλεσε θέμα, δηλαδή Επαρχία της. Παράλληλα, γύρω από τη Μεσόγειο αναπτύχθηκαν κι άλλοι πολιτισμοί.
Έτσι, η Κρήτη, λόγω της φυσικής και γεωπολιτικής θέσης, απέκτησε ιδιαίτερη σημασία και έγινε «μήλο της έριδος» για τους λαούς της Μεσογείου. Οι λαοί αυτοί λοιπόν, άρχισαν να την εποφθαλμιούν, για διαφορετικούς λόγους ο καθένας. Κατά την Α’ Βυζαντινή Περίοδο (330-824) τα πράγματα δεν έχουν ακόμη ξεδιαλύνει. Οι κίνδυνοι δεν φαίνονται ακόμη καθαρά. Για το λόγο αυτό, αλλά και λόγω άλλων εσωτερικών και εξωτερικών προβλημάτων της Αυτοκρατορίας, το νησί βρισκόταν στο περιθώριο του βυζαντινού ενδιαφέροντος. Οι πειρατικές επιδρομές άρχισαν να πυκνώνουν και τα παραθαλάσσια μοναστήρια του νησιού οχυρώθηκαν για να προστατευτούν.
Σε αυτές τις συνθήκες δεν άργησε να ξεσπάσει η πρώτη θύελλα στο νησί. Πρώτοι οι Σαρακηνοί πειρατές βρήκαν την Κρήτη σχεδόν ανοχύρωτη και την κατέλαβαν εύκολα. Εγκαταστάθηκαν για 140 χρόνια, ως το 961μΧ, οχυρώνοντας τη σημαντικότερη πόλη της, δηλ. το σημερινό Ηράκλειο. Μετά από συνεχείς αποτυχημένες προσπάθειες, ο Νικηφόρος Φωκάς κατάφερε να απελευθερώσει το νησί από τους πειρατές. Στη συνέχεια κατασκευάστηκαν νέα τείχη από τους Βυζαντινούς, τα οποία κατάφεραν να κρατήσουν τους εισβολείς μακρυά για λίγους αιώνες.
Το 1206, η Κρήτη πέρασε στα χέρια των Γενουατών, οι οποίοι αμέσως έδωσαν ιδιαίτερη σημασία στην οχύρωση του νησιού. Μέσα σε λίγα χρόνια οχύρωσαν 3 κάστρα και 12 φρούρια, αλλά οι Ενετοί πρόλαβαν να καταλάβουν το νησί το 1209. Η Ενετοκρατία στην Κρήτη κράτησε 4.5 αιώνες και βασίστηκε κυρίως στα κολοσιαία οχυρωματικά έργα που κατασκεύασαν σπουδαίοι Μηχανικοί, με σπουδαιότερο το Μεγάλο Κάστρο του Χάνδακα (Ηράκλειο). Όταν οι Τούρκοι κατάφεραν να καταλάβουν το Χάνδακα το 1669, μετά από 22 χρόνια (!), ισχυροποίησαν την παρουσία τους βελτιώνοντας τα Ενετικά Τείχη και κατασκευάζοντας πολλά μικρά φρούρια σε όλη την Κρητική Επικράτεια, τους Κουλέδες. Οι Τούρκοι συντηρούσαν τις οχυρώσεις τους ως το τέλος της παρουσίας τους στο νησί.
Ακόμη και σήμερα, ο επισκέπτης μπορεί να πάρει μια ιδέα για το πως ήταν οχυρωμένες οι μεγάλες πόλεις της Κρήτης, καθώς τα τείχη τους διατηρούνται σε άριστη κατάσταση. Τα εντυπωσιακά κάστρα στα Χανιά, στο Ρέθυμνο και στο Ηράκλειο και τα απόρθητα φρούρια στα νησιά της Σούδας, της Γραμβούσας και της Σπιναλόγκα, είναι μόνο μερικά δείγματα.
Το Φρούριο των Θόλων βρίσκεται στην ομώνυμη περιοχή δυτικά από το Αλάγνι και ανάγεται στον 16-17ο αιώνα. Το διώροφο κτίριο, μέρη του οποίου υπάρχουν ακόμη σε άσχημη κατάσταση, προστατευόταν από τείχος.
Το χωριό Κανλί Καστέλι, γνωστό σήμερα ως Προφήτης Ηλίας, βρίσκεται περίπου 18 χλμ νότια του Ηρακλείου, στην αρχή της κοιλάδας των Μαλάδων. Το χωριό είναι κτισμένο στους πρόποδες του απότομου δίκορφου υψώματος Ρόκκα, πάνω στο οποίο ακόμη και σήμερα υπάρχουν τα λείψανα του φρουρίου Κανλί Καστέλι, από το οποίο πήρε το παλιό του όνομα το χωριό.
Το χωριό Άγιος Στέφανος Σητείας ή Γρα, που βρίσκεται ανάμεσα στον Πεύκο και το Σταυροχώρι, είναι κτισμένο σε έναν ψηλό λόφο, πάνω στον οποίο υπάρχει ένα ύψωμα που οι ντόπιοι ονομάζουν Κάστελλο ή Φορτέτζα. Στον λόφο αυτό υπάρχουν τα ερείπια ενός Ενετικού φρουρίου.
Το φρούριο των Σφακίων (Castel di Sfacia or Sfachia) βρισκόταν στο λόφο Καστέλι, στην ανατολική άκρη της Χώρας Σφακίων και ήταν το τελευταίο που έκτισαν οι Ενετοί στην Κρήτη. Οικοδομήθηκε τον 15ο-16ο αιώνα πάνω σε Βυζαντινό «φρουρίδιο». Για πρώτη φορά αναφέρεται σε έγγραφα το 1526.
Τα φρούρια που οι Ενετοί ίδρυσαν στην νότια Κρήτη ήταν πολύ λίγα, ίσως επειδή τα παράλια της είναι άκολπα και αλίμενα. Ένα από αυτά πάντως ήταν το φρούριο του Σελίνου στη Παλαιόχωρα. Το φρούριο αυτό είχε κτισθεί στο λαιμό μιας στρογγυλής προεξοχής της στεριάς μέσα στη θάλασσα με στόχο την εδραίωση της ενετικής επικυριαρχίας στην περιοχή, που κατοικείτο από τον ασυμβίβαστο Κρητικό λαό.
Το φρούριο Καστέλλι Πεδιάδας δεν ήταν χτισμένο πάνω σε κάποιο ύψωμα, αλλά στην κορυφή ενός μικρού λόφου μέσα στην πεδιάδα. Είχε κυρίως διοικητική σημασία, αφού ήταν έδρα διοικητικών και στρατιωτικών αρχών.
Το Παλαιόκαστρο βρίσκεται 14 χλμ δυτικά του Ηρακλείου, στις δυτικές ακτές του μεγάλου Κόλπου του Ηρακλείου. Είναι μια γραφική παραλία με βότσαλο που σχηματίζεται στην έξοδο μιας κατάφυτης κοιλάδας που διαρρέουν οι χείμαρροι που κατεβαίνουν από το χωριό Ρογδιά. Ο κόλπος του Παλιόκαστρου προστατεύεται και στις δύο μεριές της από ψηλούς βράχους και κοιτάει ανατολικά.
Ανατολικά του Παλαιόκαστρου Σητείας υψώνεται ο απότομος λόφος Καστρί, που χωρίζει τις παραλίες του Κουρεμένου και της Χιόνας. Ο λόφος αυτός επί Ενετοκρατίας ονομαζόταν Paleo Castro, από όπου πήρε και το όνομα του το σημερινό χωριό.