Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Сархос 
Пещера под названием “Хонос” (“Воронка”), находится в районе Спилиос, в 600 м на северо-запад от деревни Сархос в муниципалитете Крусонас. Вход в пещеру находится на высоте 276 м: это полукруг шириной 4.50 м. высотой 3 м, а в длину вход занимает 5 м. Пещера Сархос с ее проходами общей длиной 1700 м впечатляет своими размерами, и, хотя она вряд ли имеет какую-то эстетическую ценность, она представляет огромный интерес для спелеологов и имеет немалое гидрологическое значение.I
Пещера Перистерас находится на северо-западной окраине плато Лимнакаро, к югу от деревни Авраконтес. Ученые установили, что в средне-менонийский период она использовалась для погребальных нужд. В наши дни, главный вход в пещеру завален огромными валунами, препятствующими попаданию в пещеру.
Тафкос Маври (черный провал) находится над деревней Вистаги на высоте 1450 м и имеет общую исследованную глубину 200м с вертикальными спусками по 50 метров и огромными залами, достигающими площади 1500 кв. м. Здесь были найдены кости (рога) критянского горного козла, который исчез из горного кряжа Псилоритис со времени турецкого правления (около 1800г. н.э.).
Несколько лет назад, при открытии кольцевой дороги на Плато, севернее села было обнаружена пещера, полная костей и черепов. Пещера была опечатана и в ней работает исторический отдел.
Аввакоспилио 
Аввакоспилио находится на западе от монастыря Кудума. Это пещерообразного типа храм, отшельником которого в 7-ом веке был Святой Козмас, который, согласно преданию, погребён в монастыре.
Пещера находится в местечка Пателия, на расстоянии 1 км к северо-западу от деревни Ситанос в Ситии, в нескольких метрах к югу от дороги. Высота возвышенности - примерно 610 м. Пещера сформировалась из известняка юрского периода. Чуть севернее находятся филлиты пермско-триасового периода, которые можно найти и к юго-западу от пещеры, а на северо-западе и юго-востоке от пещеры можно найти небольшие обломки доломита триасового периода. Деревня Ситанос построена в точке соприкосновения филлитов и эоценового флиша. Вход в пещеру находится в точке касания известняка и филлитов. Местные жители раньше знали о пещере и заходили на глубину 50 м.
Пещера Фоволис размещена к северу от Афиринолакоса в точке «Фоволис». Она находится рядом с древним менонитским поселением. Пещера небольшая и легко проходимая.
Родник и пещера Кормокопос находятся к северо-западу от Агиос Иоаннис, в восточной части каньона Элигия. Проход от Агиос Иоаннис к пещере занимает около 1,5 часа. Он начинается с красивой тропинки через лес из старых сосен и кипарисов и заканчивается почти неожиданно диким и внушительным пейзажем.
