Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Камаре 
Одна из самых труднодоступных пещер острова и, в то же время, одна из самых красивых и впечатляющих. Находится на южном склоне горы Сорос, на высоте 1700 метров. Здесь были найдены знаменитые вазы, написанные в стиле «Камарес», замечательные своими формами, рисунками и красками. Эти вазы были подношениями богине родов Илифии, которую почитали в пещере в минойскую эпоху.
Пещера "Панос или Лера" располжена в горе Вардиес на высоте 70 м в поселении Ставрос Кидониас. Пещера состоит из "вестибюля" и еще четырех частей с отделанными сводами, которые использовались для размещения статуй.
Пещера циклопа Полифема находится между поселениями Сугия и Кустогерако. Пещера не имеет интересного декора, за исключением одного мраморного образования похожего на трон. Вход разделен напополам огромным камнем, как камень, приложенный Одиссеем к пещере Полифема, одноглазого циклопа-каннибала перед тем, как он выколол его глаз большой деревянной дубиной.
Недалеко от области Сфакиа, за деревней Асфендос находится одноименная пещера. Местность называется Скордулакия из-за растения, которое произростает здесь повсюду, вот почему местные жители дали пещере второе название – Скордулакия.
Пещера Доха находится на высоте 463м, около маркера «Кака Пила Маратос», в 20км к западу от Ираклиона. Это небольшая, но довольно известная пещера, с впечатляющим декором разных цветов и форм.
В нескольких метрах от крайних домов деревни Самонас, во время дорожных работ в 1994 была обнаружена маленькая пещера, с богатым убранством и небольшим прудом. Чтобы попасть в пещеру необходимо воспользоваться лестницей.
Недалеко от монастыря Католико находится пещера Св. Иоанна (Иоанниса Эремитиса), в которой святой жил и умер. Сохранилась его каменная лежанка в глубине пещеры. Об этом месте ходит множество легенд. Особенно часто рассказывают, что многие люди чувствуют около лежанки и проходя над пещерой огромный столб чистой энергии. Но чтобы добраться до этого места обязательно нужно иметь фонарики (пещера не освещена, её длина около 150 м), удобную спортивную обувь, неплохо бы прихватить и палку-опору. Сотни паломников стекаются сюда 7 октября, в День св. Иоанна, одного из самых больших религиозных праздников на Крите.
Пещера Ахнистрес расположена на западе от приморской деревни Милатос, на высоте 70 метров и с двумя входами, довольно покрытой густой растительностью. Один вход очень отвесный на глубине 4м, в то время как главный вход, шириной 1,5м, ведет к спускающемуся 6м проходу, который заканчивается у прохода 0,5х0,5м. Первая комната с отвесным входом имеет небольшое отверстие, которое ведет к главной пещере с впечатляющими сталагмитами и колоннами, которые делят комнату на несколько частей.
