Στο Ρέθυμνο υπάρχουν αρκετά προσβάσιμα όμορφα φαράγγια. Το πιο γνωστό είναι το Κουρταλιώτικο Φαράγγι, μέσα από το οποίο περνάει ο Μεγάλος Ποταμός που καταλήγει στην πανέμορφη λίμνη του Πρέβελη με το ονειρικό φοινικόδασος. Η πορεία μέσα από την κοίτη του φαραγγιού, το οποίο έχει τη μεγαλύτερη ποσότητα νερού από όλα τα φαράγγια της Κρήτης, ως την έξοδό του είναι μια μοναδική εμπειρία. Άλλα γνωστά φαράγγια που προσφέρονται για πεζοπορία είναι τα Κολλητά στην περιοχή της Αργυρούπολης, του Κοτσυφού που καταλήγει στον Πλακιά, του Αγίου Αντωνίου στην Πατσό και το Πρασανό, των Πλατανιών ενώ κοντά στην πόλη του Ρεθύμνου βρίσκονται τα καταπράσινα φαράγγια των Μύλων, των Βεδέρων και του Γάλλου.
Φαράγγι Ροδάκινο 
Το φαράγγι σχηματίζεται βόρεια του χωριού Ροδάκινο και είναι απροσπέλαστο χωρίς τη χρήση εξοπλισμού φαραγγοδιάσχισης (canyoning). Ξεκινάει νότια από την κορυφή του Κρυονερίτη και ενώνεται μετά από 5χλμ με το φαράγγι της Συκιάς, λίγο πριν τη γέφυρα του Ροδάκινου.
Παρά το ότι κανείς δεν κάνει τον κόπο να πάει μέχρι εκεί η περιοχή που περιβάλλει το φαράγγι είναι μοναδικού φυσικού κάλλους με ένα από τα πιο εντυπωσιακά δρυοδάση της Κρήτης με πανάρχαιους εντυπωσιακά μεγάλους δρύες. Το Καρινιώτικο φαράγγι είναι από τα ελάχιστα στην Κρήτη που σχηματίζονται σε έδαφος Φλύσχη κι όχι σε Ασβεστόλιθο.
Το Φαράγγι του Περδικάρη βρίσκεται ανάμεσα στα χωριά Μυριοκέφαλα και Αργουλές, στα σύνορα των Νομών Ρεθύμνου και Χανίων. Είναι δύσβατο φαράγγι με μεγάλη κλίση, χαμηλή βλάστηση και μεγάλο άνοιγμα σε όλο το μήκος του. Σε ένα σημείο υπάρχει μικρό ραπέλ, το οποίο μπορεί να παρακαμφθεί.
Το Καρανταλιώτικο Φαράγγι βρίσκεται στο κέντρο του Νομού Ρεθύμνου και παίρνει το όνομα του από τον εγκαταλελειμμένο σήμερα οικισμό της Καρανταλέ, ο οποίος βρίσκεται στην είσοδο του.
Το καταπράσινο φαράγγι των Βεδέρων ξεκινά από τον οικισμό Φρατζεσκιανά μετόχια, περνάει δίπλα από τον οικισμό Βεδέροι και καταλήγει στην παραλία του Γερανίου μετά από 7km.
Το Κισσανό φαράγγι βρίσκεται 1km βόρεια του χωριό Κισσός της επαρχίας Αγίου Βασιλείου και 34km νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, ενώνοντας το μικρό χωριό με το οροπέδιο του Γιους Κάμπου. Είναι ένα μικρό, αλλά όμορφο φαράγγι, μέσα από το οποίο διασχίζει σε ένα σημείο ο επαρχιακός δρόμος που οδηγεί από τον Κισσό στο Γιους Κάμπο.
Στο μικρό και σχεδόν έρημο σήμερα χωριό Χορδάκι στην επαρχία Αμαρίου συναντάμε το μικρό αλλά πολύ όμορφο φαράγγι που δημιουργείται στην περιοχή Κυνηγόσπηλιος κάτω από το χωριό και προς τα νότια του. Βρίσκεται σε εντελώς κρυφό σημείο και δε φαίνεται από πουθενά και αυτός είναι και ο βασικός λόγος που παραμένει άγνωστο.
Κάτω από το χωριό Μύρθιος στο βόρειο Ρέθυμνο (όχι ο Μύρθιος Αγίου Βασιλείου πάνω από τον Πλακιά) δημιουργείται μία μικρή λαγκαδιά με πλατάνια η οποία στην έξοδό της δημιουργεί ένα καλά κρυμμένο πολύ μικρό και άγριο φαράγγι στην περιοχή Καμινόλακκος. Καμινόλακκος σημαίνει το ασβεστοκάμινο στο τοπικό ιδίωμα και το πέτρωμα της περιοχής είναι ιδανικό για την παρασκευή ασβέστη.
