Στο Ηράκλειο υπάρχουν πολλά φαράγγια, με τα περισσότερα από αυτά να διασχίζουν τους όγκους του Ψηλορείτη και των Αστερουσίων Ορέων. Τα Αστερούσια διαθέτουν υπέροχα πεζοπορικά φαράγγια, με πιο σημαντικά του Αγιοφάραγγου, του Μάρτσαλου και του Τράφουλα. Ωστόσο, το διασημότερο φαράγγι είναι του Γάφαρη στον Ψηλορείτη, που διασχίζει το μαγευτικό δάσος του Ρούβα. Άλλα φαράγγια του Ψηλορείτη είναι του Κρουσώνα, μέσα από το οποίο διερχόταν το Μινωικό μονοπάτι για το Ιδαίον Άντρον, του Βρωμονερού, το Βοριζανό και τα δύο μικρά φαράγγια των Ασιτών. Κοντά στην πόλη, υπάρχουν τα καταπράσινα φαράγγια του Καρτερού, το Κουναβιανό, το Αρχανιώτικο, του Αλμυρού και του Βενεράτου. Στις δυτικές υπερώιες των Λασιθιώτικων βουνών υπάρχουν επίσης τα φαράγγια της Ρόζας, της Αμπέλου, της Αποτύπωσης και κοντά στη Χερσόνησο το φαράγγι του Αποσελέμη.
Εκτός από τα περιπατητικά αυτά φαράγγια, κυρίως η περιοχή των Αστερουσίων Ορέων στο νότιο Ηράκλειο φιλοξενεί πολλά τεχνικά φαράγγια, που έχουν ασφαλιστεί και χρησιμοποιούνται συχνά για την εκπαίδευση νέων canyoners.
Φαράγγι Εμπασάς 
Το φαράγγι της Εμπασάς ή Αποτύπωσης ξεκινάει από την Κάτω Κερά και καταλήγει στις Γωνιές Πεδιάδας μετά από πορεία 2km. Αρχικά είναι πολύ απότομο και το χειμώνα σχηματίζονται πολλοί καταρράκτες με τον μεγαλύτερο να είναι περίπου 20m ύψος.
Το Φαράγγι της Αγίας Αναστασίας ξεκινάει από το Καινούργιο Χωριό Πεδιάδος (υψόμετρο 160μ) και καταλήγει στις Γούρνες. Το όνομα του το παίρνει από τον σπηλαιώδη ναό της Αγίας Αναστασίας που βρίσκεται κοντά στην είσοδο του.
Δυτικά της Ρογδιάς Μαλεβιζίου ξεκινάει ένα μικρό φαράγγι που καταλήγει στο Παλιόκαστρο. Το χειμώνα, το εντυπωσιακότερο σημείο του είναι ο καταρράκτης της Ρέχτρας ύψους 10m, στον οποίο φτάνουμε ευκολότερα αν ανηφορίσουμε το φαράγγι από το Παλιόκαστρο.
Το φαραγγούλι του Αγίου Χαραλάμπους είναι ένα μικρό, αλλά πανέμορφο φαράγγι που βρίσκεται νότια του χωριού Άνω Ασίτες. Παίρνει το όνομα του από το εκκλησάκι του Αγίου Χαραλάμπους που βρίσκεται στην αρχή του.
Το φαράγγι Καβουσίου βρίσκεται κοντά στον Κερατόκαμπο (Άνω Βιάννου, στο νότιο Ηράκλειο) στο όρος Δίκτη. Έχει συνολικό μήκος 1km και υψομετρική διαφορά εισόδου-εξόδου 170m.
Άγριο τεχνικό φαράγγι που βρίσκεται περίπου 10km νότια του Αχεντριά στα ανατολικά Αστερούσια Όρη. Το φαράγγι, όπως υποδεικνύει και το όνομά του, είναι απροσπέλαστο χωρίς τεχνικό εξοπλισμό. Στην έξοδό του σχηματίζει μια φανταστική παραλία που ονομάζουν Σκιαδάκι ή Πετριγιάρι.
Το φαράγγι του Κρουσσώνα ή της Γαϊδουροράχης βρίσκεται 3km δυτικά του Κρουσσώνα Ηρακλείου και διασχίζει τον Ψηλορείτη. Ονομάζεται έτσι από το σχήμα του βουνού, που μακρυά θυμίζει καμπούρα γαιδάρου.
Άγριο κι επιβλητικό φαράγγι, γνωστό κι ως Γεροντζού, το οποίο ξεκινάει από την κοιλάδα της Περβόλας δίπλα στη Μουρνιά Αστερουσίων και καταλήγει στην πανέμορφη παραλία Καμινάκι. Υπάρχει μονοπάτι, λίγο απότομο, που ξεκινάει από την Περβόλα, αλλά μπορεί να περαστεί κι από την κοίτη του με αρκετή προσοχή.
