Κατά τη Σκοτεινή Περίοδο, η διαβίωση σε τόσο δυσπρόσιτες περιοχές ήταν τόσο σκληρή, που σε λίγους αιώνες οι οικισμοί αυτοί ήταν λογικό να παρακμάσουν και να χαθούν. Την ίδια περίοδο, οι Αχαιοί και οι Δωριείς άνοιξαν το δρόμο για την άνθιση του Κλασσικού Ελληνισμού. Εισήχθησαν νέα έθιμα, όπως η χρήση σιδήρου, η καύση των νεκρών και νέοι τρόποι ένδυσης. Η «εκατόπολη» Κρήτη του Ομήρου, άρχισε σιγά σιγά να επανέρχεται στο προσκήνιο, η Κνωσός ισχυροποιείται διοικητικά και αναπτύσσονται νέες εντυπωσιακές πόλεις, όπως η Ιεράπυτνα, η Ίτανος κοντά στο Βάι, η Αξός στην επαρχία Μυλοποτάμου, η Πραισός, η Σίβρυτος, η Δρήρος, η Ριζηνία, ο Τρυπητός, και πολλές άλλες.
Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Ρωμαίους, το 69 μ.Χ., πρωτεύουσα του νησιού ορίστηκε η Γόρτυνα, η οποία μάλιστα εξελίχτηκε σε πρωτεύουσα των ρωμαϊκών επαρχιών της Κρήτης και της Κυρηναίας. Η πόλη, όπως μπορεί να δει ακόμη και σήμερα ο επισκέπτης, είχε επιβλητικά συγκροτήματα λουτρών, θέατρα, στάδιο, ιππόδρομο, ακρόπολη και ναούς ενώ λιμάνια της ήταν τα Μάταλα, η Λασαία και η Λεβήνα στο Λέντα. Εκτός από τη Γόρτυνα, πολλές άλλες πόλεις γνώρισαν άνθιση, με τις πιο εντυπωσιακές αρχαιολογικές τοποθεσίες να είναι σήμερα η Ελεύθερνα, η καλά οχυρωμένη Πολυρρήνια, η Ιεράπυτνα, η Λύττος, η Έλυρος, η Άπτερα, η Λάππα, η Ολούς, η Λατώ και η Πριανσός.
Με την ίδρυση κρητικών αποικιών στη Σικελία, στη Μασσαλία και στην Κυρήνη τον 7ο αιώνα π.Χ., το εμπόριο άνθισε ξανά και πολλά λιμάνια ξεπέρασαν σε ισχύ τις πόλεις που εξυπηρετούσαν ως επίνεια. Λιμάνια που μετεξελίχθηκαν τότε σε σημαντικές πόλεις ήταν η Φαλάσαρνα, η Λισσός, η Χερρόνησος, η Λατώ προς Καμάρα (σημερινός Άγιος Νικόλαος), η Ίνατος στον Τσούτσουρα και άλλα.
Η Άφιξη του Χριστιανισμού
Στο ταξίδι του προς τη Ρώμη, ο Άγιος Παύλος σταμάτησε στην Κρήτη και διακήρυξε τον Χριστιανισμό, ανάβοντας τη φλόγα μιας αιωνόβιας ασκητικής παράδοσης, σημάδια της οποίας συναντάμε και σήμερα στα ερημητήρια των Αστερουσίων. Περιοχές από όπου σύμφωνα με την παράδοση πέρασε ο Άγιος Παύλος και ο Όσιος Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν γρήγορα σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν ακόμη και σήμερα τα ιερά ερημητήρια των Αστερουσίων και του Ακρωτηρίου Χανίων.
Το νησί έγινε ένα σπουδαίο χριστιανικό κέντρο, όπως αποτυπώνεται στα εκατοντάδες θρησκευτικά μνημεία, που είναι διάσπαρτα παντού. Οι παλαιοί ναοί του Δωδεκάθεου μετατράπηκαν σε μεγαλοπρεπείς βασιλικές και τα ιερά σπήλαια έγιναν εκκλησίες. Λείψανα των παλαιοχριστιανικών βασιλικών, που ακόμη και σήμερα προκαλούν δέος για το μέγεθός τους, συναντά κανείς διάσπαρτα σε όλο το νησί. Εκτός από τη μεγαλειώδη βασιλική του Αγίου Τίτου στη Μητρόπολη, σώζονται ίχνη ανάλογων θρησκευτικών μνημείων στη Χερσόνησο, στο Φραγκοκάστελο, στην Ελούντα, στην Αλμυρίδα, στο Πάνορμο, στα Γουλεδιανά, στη Σούγια, στην Ελεύθερνα και αλλού.
Αρχαία Φαλάννα 
Η αρχαία πόλη Φαλάννα εντοπίζεται στη θέση που βρίσκεται σήμερα ο εγκαταλελειμμένος οικισμός Ονιθέ, όπου καταλαμβάνει μεγάλο πλάτωμα σε φυσικά οχυρωμένο σημείο. Η πρώτη χρήση του χώρου τοποθετείται στη Νεολιθική Εποχή, αλλά η πόλη άνθισε κατά τους αρχαϊκούς χρόνους (7-6ος αιώνας π.Χ.). Η Φαλάννα ήταν μικρή πόλη εξαρτώμενη από τη Ρύθημνα.
Στην τοποθεσία αυτή βρέθηκε το 1981 μεγάλο οικοδόμημα της Ρωμαϊκής περιόδου, που πιστεύεται ότι ήταν έπαυλη.
Στη δυτική πλευρά της παραλίας του Θόλου συναντάμε τα ερείπια μεγαλοπρεπούς στενόμακρου κτιρίου, διαστάσεων 56m x 9.60m. Ειδικά κατά τη Ρωμαϊκή εποχή πιστεύεται ότι αποτέλεσε διαμετακομιστικό κέντρο για την μεταφορά σιτηρών ανάμεσα στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου και τη Ρώμη.
Στη Χρυσέα των αρχαίων, τη σημερινή νήσο Χρυσή ή Γαϊδουρονήσι, έχει εντοπιστεί σημαντικός οικισμός της Μινωικής και Ρωμαϊκής περιόδου με κτίσματα και τουλάχιστον τρεις λαξευτούς τάφους κοντά στον ναό του Αγίου Νικολάου και στο φάρο του νησιού. Ο οικισμός χρησιμοποιήθηκε για την παραγωγή της πορφύρας από τα κοχύλια Murex brandaris, όπως και στο γειτονικό Κουφονήσι.
Δυτικά της κωμόπολης του Αρκαλοχωρίου υψώνεται ο ιερός για του Μινωίτες βράχος του Προφήτη Ηλία, με το ομώνυμο εκκλησάκι στην κορυφή και το λατρευτικό σπήλαιο του Αρκαλοχωρίου. Στην πλαγιά που κοιτάει προς το Αρκαλοχώρι έχει εντοπιστεί οικισμός που κατοικήθηκε από τους Μινωίτες ως και την Οθωμανική εποχή.
Η Ρωμαϊκή Ναυμαχία στην Ιεράπετρα 
Ένα από τα μνημεία που αναδεικνύει την ακμή της αρχαίας Ιεράπετρας ήταν η «ναυμαχία», ένα θαλάσσιο θέατρο όπου τελούνταν αιματηρές παραστάσεις ναυμαχιών από φυλακισμένους και δούλους της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας και αποτελούσε ουσιαστικά τη μεταφορά σε θαλάσσιο περιβάλλον των μαχών στις αρένες.
Στη θέση που είναι κτισμένο το σημερινό Λουτρό Σφακίων υπήρχε το επίνειο (λιμάνι) της αρχαίας Ανώπολης και της Αράδενας. Το λιμάνι αυτό αναφέρεται στα αρχαία κείμενα ως Φοίνιξ ή Κατώπολη. Στο Φοίνικα λατρεύονταν οι θεοί Δίας και Απόλλωνας.
Η αρχαία πόλη Ελτυνία, Έλτυνα ή Ελτυναία ήταν διάσπαρτα κτισμένη στο σημερινό κάμπο των Πεζών, αλλά ο κύριος πυρήνας της πιθανότατα βρισκόταν στην περιοχή που είναι κτισμένο σήμερα το χωριό Κουνάβοι. Κύρια ασχολία των κατοίκων της ήταν η αμπελουργία και η οινοποιία και η παραγωγή οίνου, που εξακολουθεί ακόμη και σήμερα να αποτελεί βασικό τομέα της τοπικής οικονομίας.
