Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
Η Μονή του Πρέβελη (ή της Πρέβελης) βρίσκεται σε απόσταση 37km νότια του Ρεθύμνου, σε μια πανέμορφη φυσική τοποθεσία στις δυτικές πλαγιές του Μεγάλου Ποταμού (Κουρταλιώτικου φαραγγιού) και του φοινικοδάσους της περιοχής. Περιλαμβάνει δύο ξεχωριστά μοναστήρια που βρίσκονται σε απόσταση 1.7km μεταξύ τους, την Κάτω Μονή του Προδρόμου και την Πίσω Μονή του Θεολόγου.
Η μονή Αρσανίου βρίσκεται κοντά στο Παγκαλοχώρι, 11km ανατολικά του Ρεθύμνου, σε μια θέση με πανοραμική θέα στο Κρητικό Πέλαγος. Ο ναός του μοναστηριού είναι αφιερωμένος στον Άγιο Γεώργιο και είναι μια σταυροειδής βασιλική με τρούλο. Στη μονή λειτουργεί μουσείο και συνεδριακό κέντρο.
Η Μονή Αγίου Πνεύματος πιθανόν ιδρύθηκε κατά τον 12ο αιώνα και σίγουρα στο τέλος της Ενετοκρατίας ήταν αυτόνομο και σε άνθιση. Στις 15 Ιουνίου 1821 οι Αμπαδιώτες Τούρκοι έσφαξαν τους μοναχούς και πυρπόλησαν το μοναστήρι.
Η Ιερά Μονή Αγίου Αντωνίου βρίσκεται στην τοποθεσία Κατεβατή, 6 χλμ. από το χωριό Ακούμια (ή Κούμια) στα νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, σε υψόμετρο 525μ. Για να φτάσει κανείς στο μοναστήρι πρέπει να διανύσει απόσταση 15 λεπτών με το αυτοκίνητο σε χωματόδρομο από την περιοχή Ακούμια.
Η Μονή Προφήτη Ηλία Ρουστίκων βρίσκεται σε ένα ψηλό λόφο με πανοραμική θέα, 20km νότια του Ρεθύμνου, δίπλα στο χωριό Ρούστικα. Είναι ένα σχετικά άγνωστο μοναστήρι της Κρήτης, παρόλο που έχει ιδρυθεί από την εποχή της Ενετοκρατίας και είναι από τα ιστορικότερα στο νησί.
Η Μονή Αττάλης ή Μπαλή βρίσκεται στις πλαγιές του λόφου της Αγίας Υπακοής, δυτικά του Μπαλίου, με πανοραμική θέα στη θάλασσα και πολύ κοντά στην Εθνική Οδό Ρεθύμνου - Ηρακλείου. Στην περιοχή, που μέχρι το 1970 που ανοίχτηκε ο εθνικός δρόμος ήταν απομονωμένη, άνθισε ο μοναχισμός και ο ασκητισμός.
Η Μονή Δισκουρίου βρίσκεται 43km ανατολικά του Ρεθύμνου και θεωρείται μια από τις παλαιότερες μονές της Κρήτης. Η παλαιότητα της αποδεικνύεται από την ύπαρξη του κοντινού κατάγραφου Βυζαντινού ναού του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου.
Η μονή Σωτήρος Χριστού Χαλέπας ή Χαλεπά είναι κτισμένη σε ψηλό λόφο κοντά στα χωριά Τσαχιανά και Βενί, 46km ανατολικά του Ρεθύμνου. Η θέα προς την κοιλάδα του Μυλοπόταμου από το σημείο αυτό είναι πανοραμική. Παρότι πριν από το 2000 το μοναστήρι ήταν ένα σύνολο από ερείπια, σήμερα έχει αναστηλωθεί σε μεγάλο μέρος.